Auf der Basis einer Kooperationsvereinbarung zwischen der Stadt Bad Honnef und dem Erzbistum Köln wurde 2014 entschieden, die Realschule zugunsten einer neuen Gesamtschule auslaufen zu lassen. Im Schuljahr 2016/2017 startete diese erstmals vierzügig: An St. Josef lernen nun Kinder und Jugendliche mit Haupt-, Real-, und Gymnasialempfehlung gemeinsam. Mit der Umwandlung der Schule stand eine weitere Neuerung an: Ihr Neubau. Die Grundsteinlegung fand im Februar 2019 statt, das Richtfest im Oktober 2019 und ein Jahr später konnten die Räumlichkeiten bezogen und eingeweiht werden. Der zweite Bauabschnitt mit der Errichtung einer neuen Sporthalle auf dem Gelände des Altbaus und der Gestaltung des Parkgeländes wurde im Sommer 2022 vollendet. Seitdem erstrahlt St. Josef im neuen Glanz. Gegenwärtig werden über 700 Schülerinnen und Schüler an der Schule unterrichtet, die Zahl der Mitarbeiter und Lehrkräfte beläuft sich auf über 60. Am Ende des Schuljahres 2024/2025 wird der erste Jahrgang sein Abitur ablegen.